FreeSurfer教程 #1. 安装

安装方法简述

  1. 根据自己系统下载对应的安装包（FreeSurfer 7.3.2 ~5G）
  2. 通过网址( https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/registration.html ),获取license.txt,将其放置在FreeSurfer的安装目录下(比如/Applications/freesurfer/7.3.2)。
  3. 依次执行下述脚本，设置环境变量,注意freesurfer的版本7.3.2需要替换成自己安装的版本。 
    $ export FREESURFER_HOME=/Applications/freesurfer/7.3.2
$ export SUBJECTS_DIR=$FREESURFER_HOME/subjects
$ source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh
-------- freesurfer-darwin-macOS-7.3.2-20200429-3a03ebd --------
Setting up environment for FreeSurfer/FS-FAST (and FSL)
WARNING: /Users/synpro/freesurfer/fsfast does not exist
FREESURFER_HOME   /Applications/freesurfer/7.3.2
FSFAST_HOME       /Users/synpro/freesurfer/fsfast
FSF_OUTPUT_FORMAT nii.gz
SUBJECTS_DIR      /Applications/freesurfer/7.3.2/subjects
MNI_DIR           /Users/synpro/freesurfer/mni

$ which freeview
/Applications/freesurfer/7.3.2/bin/freeview

注意上述方式时临时有效，即仅对当前打开的终端有效，关闭该终端后，上述设置都会失效。

  1. 永久设置环境变量方法： 将上述脚本写入~/.bash_profile文件中,操作命令如下： 

    $ vi ~/.bash_profile  #打开该文本，写入内容(若不熟悉vim，请使用其他工具打开即可);

# FREESURFER
export FREESURFER_HOME=/Applications/freesurfer/7.3.2
export SUBJECTS_DIR=$FREESURFER_HOME/subjects
source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh

$ source .bash_profile # 让设置立即生效

    需要注意的是，上面的设置默认使用bash，如果你在Mac上使用的是zsh等shell工具，需要再做如下配置，来达到环境变量设置的永久生效。

1.$ vim ~/.zshrc
2.在开头添加以下内容：

if [ -f ~/.bash_profile ]; then
   source ~/.bash_profile
fi

3.使用下面的命令使之立即生效 $ source ~/.zshrc

之后，每次打开新终端都可以正常使用啦。但每次都输出该信息太丑了，如图:

Last login: Sat Feb  4 17:38:25 on ttys012
-------- freesurfer-darwin-macOS-7.3.2-20220804-6354275 --------
Setting up environment for FreeSurfer/FS-FAST (and FSL)
FREESURFER_HOME   /Applications/freesurfer/7.3.2
FSFAST_HOME       /Applications/freesurfer/7.3.2/fsfast
FSF_OUTPUT_FORMAT nii.gz
SUBJECTS_DIR      /Applications/freesurfer/7.3.2/subjects
MNI_DIR           /Applications/freesurfer/7.3.2/mni

那怎么可以隐藏掉，方法如下：打开~/.bash_profile文件，删除或者注释掉 source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh,然后将上述终端输出消息和echo $PATH后的FreeSurfer相关信息，改为如下格式，并写入.bash_profile文件。 


# FREESURFER
export FREESURFER_HOME=/Applications/freesurfer/7.3.2
export SUBJECTS_DIR=$FREESURFER_HOME/subjects
# source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh

export PATH=/Applications/freesurfer/7.3.2/bin:/Applications/freesurfer/7.3.2/fsfast/bin:/Applications/freesurfer/7.3.2/mni/bin:$PATH

export FSFAST_HOME=/Applications/freesurfer/7.3.2/fsfast
export FSF_OUTPUT_FORMAT=nii.gz
export SUBJECTS_DIR=/Applications/freesurfer/7.3.2/subjects
export MNI_DIR=/Applications/freesurfer/7.3.2/mni

参考

  1. 官网安装指导
  2. https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki//FS7_mac