DIPY系列教程

DIPY简介

DIPY是Python中标准的3D/4D成像库,包含空间归一化、信号处理、机器学习、统计分析和医学图像可视化的通用方法。此外,它还包含计算解剖学的专门方法,包括扩散、灌注和结构成像。

DIPY功能

  • 命令行接口
    • 所有算法都可以使用命令行的方式调用
    • 创建自己的命令行
  • 统计分析
    • BUAN
    • AFQ
    • K折交叉验证
  • 重构
    • Single Shell:DTI, CSA, SFM, SDT, Q-Ball, CSD, …
    • Multi-Shell:GQI, DTI, DKI, SHORE, MAPMRI, MSMT-CSD, …
  • 配准
    • 仿射变换
    • 2D/3D微分同胚配准(Diffeomorphic 2D/3D Registration)
  • 纤维束成像
    • 概率性纤维束追踪
    • 确定性纤维束追踪
    • PFT纤维束追踪
  • 去噪
    • Patch2self
    • Gibbs Unringing
    • LPCA - MPPCA
    • Non Local Means
  • 可视化
    • ODFs可视化
    • 交互式的纤维束可视化
  • 预处理
    • Brain extraction
    • SNR estimation
    • Reslice Datasets

安装方式

$ pip install nibabel # 用于读写神经影像数据
$ pip install dipy
$ pip install fury # 某些可视化依赖库

当然,也可以使用conda方式进行安装。

更多安装教程,请参考官网

如果看到这不知道什么是pip或者conda,可以去学习一下python相关基础。

教程数据下载

  1. 使用python代码下载,数据集默认会下载在主目录下的.dipy目录内。
    Jupyter已省略部分内容,请点击这里全屏显示

尽量不要使用jupyter来执行上述命令下载数据,因为目前jupyter的下载进度支持不好,无法查看下载是否已完成且容易僵住。

  1. 使用命令行工具下载,选择特定目录,执行下面命令即可(推荐)
$ dipy_fetch list # 查看所有可使用的数据集

INFO:Please, select between the following data names: bundle_atlas_hcp842, bundle_fa_hcp, bundles_2_subjects, cenir_multib, cfin_multib, file_formats, fury_surface, gold_standard_io, isbi2013_2shell, ivim, mni_template, qtdMRI_test_retest_2subjects, qte_lte_pte, resdnn_weights, scil_b0, sherbrooke_3shell, stanford_hardi, stanford_labels, stanford_pve_maps, stanford_t1, syn_data, taiwan_ntu_dsi, target_tractogram_hcp, tissue_data

$ dipy_fetch {specific_dataset} --out_dir {specific_data_out_folder} # 选择特定数据集,下载到特定目录,注意{}内内容需要替换。

$ dipy_fetch sherbrooke_3shell --out_dir . # 举例,将sherbrooke_3shell数据集下载到当前目录。

使用dipy_fetch时,–out_dir不写,即下载到默认目录下(~/.dipy)

注意 1: 不需要马上下载上述所有数据集,在后续教程中,会陆续使用命令下载教程相关数据。 注意 2: 在下载过程中,经常会碰到报500错误(HTTP Error 500: Internal Server Error)的情况,重新开始即可。