DIPY是Python中标准的3D/4D成像库,包含空间归一化、信号处理、机器学习、统计分析和医学图像可视化的通用方法。此外,它还包含计算解剖学的专门方法,包括扩散、灌注和结构成像。
$ pip install nibabel # 用于读写神经影像数据
$ pip install dipy
$ pip install fury # 某些可视化依赖库
当然,也可以使用conda方式进行安装。
如果看到这不知道什么是pip或者conda,可以去学习一下python相关基础。
尽量不要使用jupyter来执行上述命令下载数据,因为目前jupyter的下载进度支持不好,无法查看下载是否已完成且容易僵住。
$ dipy_fetch list # 查看所有可使用的数据集
INFO:Please, select between the following data names: bundle_atlas_hcp842, bundle_fa_hcp, bundles_2_subjects, cenir_multib, cfin_multib, file_formats, fury_surface, gold_standard_io, isbi2013_2shell, ivim, mni_template, qtdMRI_test_retest_2subjects, qte_lte_pte, resdnn_weights, scil_b0, sherbrooke_3shell, stanford_hardi, stanford_labels, stanford_pve_maps, stanford_t1, syn_data, taiwan_ntu_dsi, target_tractogram_hcp, tissue_data
$ dipy_fetch {specific_dataset} --out_dir {specific_data_out_folder} # 选择特定数据集,下载到特定目录,注意{}内内容需要替换。
$ dipy_fetch sherbrooke_3shell --out_dir . # 举例,将sherbrooke_3shell数据集下载到当前目录。
使用dipy_fetch时,–out_dir不写,即下载到默认目录下(~/.dipy)
注意 1: 不需要马上下载上述所有数据集,在后续教程中,会陆续使用命令下载教程相关数据。 注意 2: 在下载过程中,经常会碰到报500错误(HTTP Error 500: Internal Server Error)的情况,重新开始即可。