ANTs系列教程

下载ANTs工具箱

点击下载链接，选择想要的版本进行下载。 Mac环境下，等待下载完成后，解压到特定文件下/opt/ants-<version>/[bin,lib]，

安装ANTs工具箱

设置环境变量PATH、ANTSPATH

在Mac环境下，打开~/.bash_profile文件,写入下述内容：

# ANTs
export ANTSPATH=/opt/ants-2.4.4/bin/
export PATH=${ANTSPATH}:$PATH

然后，source ~/.bash_profile来激活环境变量。 最后，我们来检查安装是否成功。

# 在终端输入以下命令，会输出antsRegistration的对应路径
$ which antsRegistration
/opt/ants-2.4.4/bin//antsRegistration

# 在终端输入以下命令，会输出antsRegistrationSyN.sh的使用方法
$ antsRegistrationSyN.sh

Usage:

antsRegistrationSyN.sh -d ImageDimension -f FixedImage -m MovingImage -o OutputPrefix

Example Case:

antsRegistrationSyN.sh -d 3 -f fixedImage.nii.gz -m movingImage.nii.gz -o output

Compulsory arguments:

     -d:  ImageDimension: 2 or 3 (for 2 or 3 dimensional registration of single volume)

     -f:  Fixed image(s) or source image(s) or reference image(s)
...

若在mac环境下，使用ANTs命令时，出现以下问题，我们就需要给所有相关二进制文件授权。 verified

授权方式如下：

$ xattr -r -d com.apple.quarantine <指定授权文件夹>
$ xattr -r -d com.apple.quarantine /opt/ants-2.4.4/

https://github.com/ANTsX/ANTsPy https://github.com/ANTsX/ANTs

https://github.com/ANTsX/ANTs/wiki/Installing-ANTs-release-binaries https://andysbrainbook.readthedocs.io/en/latest/ANTs/ANTs_Overview.html?highlight=ants